โรงเรียนนาน้อยบริหารงานภายใต้การกำกับของ นายคมสัน ชัยรักษา ผู้อำนวยการโรงเรียน โดยมีรองผู้อำนวยการ ได้แก่ นายสิงหวัฒน์ สารถ้อย และนายพงษ์ศิริ สินเสาร์ และแบ่งโครงสร้างการบริหารออกเป็น 5 กลุ่มงานหลัก
- กลุ่มบริหารวิชาการ — หัวหน้างาน: นางแพรวไพลิน ศศิทัตต์
- กลุ่มบริหารงานบุคคล — หัวหน้างาน: นางอมรรัตน์ โพธิขาว
- กลุ่มบริหารงบประมาณ — หัวหน้างาน: นางสาวสุพัตรา ลังกาใจ
- กลุ่มบริหารทั่วไป — หัวหน้างาน: ว่าที่ร้อยตรีมงคล หนูสา
- กลุ่มบริหารกิจการนักเรียน — หัวหน้างาน: ว่าที่ร้อยตรีพิษณุ ปิจดี
การบริหารยึดหลักธรรมาภิบาล โปร่งใส ตรวจสอบได้ และเปิดโอกาสให้ทุกภาคส่วนมีส่วนร่วม